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시퀀스 다운로드

프리페치(Prefetch)는 SRA 툴킷의 일부입니다. 이 프로그램은 실행(압축된 SRA 형식의 시퀀스 파일)과 실행을 SRA 형식에서 보다 일반적으로 사용되는 형식으로 변환하는 데 필요한 모든 추가 데이터를 다운로드합니다. Prefetch는 불완전한 실행 다운로드를 수정하고 완료하는 데 사용할 수 있습니다. 소스 코드는 GPLv3에 따라 라이센스가 부여되며 리눅스, 윈도우 및 Mac OSX에서 지원됩니다. https://github.com/ElsevierSoftwareX/SOFTX-D-15-00072.git, 업스트림/다운스트림/간열서열에 대해 https://github.com/StuntsPT/NCBI_Mass_Downloader: 이러한 데이터 유형의 경우 궤적 이름 또는 특정 유전자 모델 이름이 검색에 사용되는지 여부에 관계없이 궤적 자체에 대한 서열(해당 궤적에 대한 모든 유전자 모델의 최대 범위 기준)만 제공합니다. NCBI와 같은 시퀀스 데이터베이스는 많은 과학 분야에서 매우 중요한 리소스입니다. 최근 웹 브라우저를 사용하여 소량의 시퀀스를 로컬 저장소에 쉽게 다운로드할 수 있지만 수만 개의 시퀀스를 다운로드하는 것은 간단하지 않습니다. 이 디렉토리에는 최신 릴리스에 포함된 모든 스캐폴드(유전체 또는 전사체 콘티그에서 추출된 서열 및 부호에서 추출된)의 확장된 버전이 포함되어 있습니다. 예를 들어, FTP 사이트에서 직접 다운로드할 수 있는 EMBL-Bank 시퀀스는 다음과 같습니다: SRA-DataDownloader를 사용하여 SRA 시퀀스 및 데이터 다운로드`; 인트론 시퀀스 전용: 인트론 시퀀스 데이터 집합을 사용하여 인트론 시퀀스를 얻기 위해서는 특별한 형식이 필요합니다. 형식은 유전자 모델 접미사 뒤에 궤적 식별자를 포함해야합니다.

인트론을 지정하려면 모델 id.suffix 다음에 하이픈(-) 및 검색할 인트론 수를 지정합니다. 예를 들어, AGAMOUS 유전자상에서 제1 인트론의 서열을 얻기 위해 포맷은 AT4G18960.1-1 NCBI 질량 서열 다운로더가 NCBI 데이터베이스로부터 로컬 스토리지로 대량의 시퀀스 데이터를 얻는 것을 단순화하기 위한 오픈 소스 프로그램이다. 파이썬 (파이썬 2와 파이썬 3 모두에서 실행할 수 있음)으로 작성되었으며 GUI에 PyQt5를 사용합니다. 이 프로그램은 그래픽 또는 명령줄 모드에서 실행할 수 있습니다. 이 디렉토리에는 WGS/TSA 세트 또는 스캐폴드(CON) 항목 [B] From-to range가 아닌 모든 업데이트/뉴스 시퀀스가 포함되어 있으므로 다운로드할 시퀀스 또는 항목의 범위를 선택할 수 있습니다.